Wie viele andere Neustädter Bürger und Institutionen blieb auch der MSC vom verheerenden Hochwasser, das an Pfingsten 1999 weite Teile der Stadt überschwemmte und viele Menschen an den Rande des Ruins trieb, nicht verschont. Insgesamt hatte der Verein einen Schaden von rund 100.000 Mark zu beklagen, da die Wassermassen auch vor dem Anton-Treffer-Stadion nicht halt machten.

Der vereinseigenen Bahnwalze reichte das Wasser bis zum Motor, dem Schleifenfahrzeug sogar fast bis zum Dach. Schwer in Mitleidenschaft gezogen wurde neben dem Fahrerlager auch die Bahn und deren Belag. Zusätzlich traf es auch noch die elektrischen Einrichtungen. Vom Telefon über die Schreibmaschine und Fax bis hin zum Kopierer machten die Fluten die komplette Infrastruktur des MSC praktisch über Nacht zunichte. Die MSC-Jugendgruppe hatte zudem den Verlust ihrer Karts zu verschmerzen.

Vom ADAC und vom Landkreis Kelheim großzügige Hochwasserhilfen. Den Großteil des Schadens behob der MSC aber in Eigenregie. Die Mitglieder des Vereins legten selbst Hand an, erledigten von den Aufräum- bis hin zu den Malerarbeiten alles selbst, und trugen so zur Sanierung des Stadions bei, ohne der Stadt Neustadt zur Last zu fallen. Mittlerweile ist Dank des Einsatzes des MSC nichts mehr vom ursprünglichen Schaden zu sehen.